Browsing by Author "Can Bicmen"
Now showing 1 - 4 of 4
Results Per Page
Sort Options
Item Mycobacterium tuberculosis izolatlarının antitüberküloz ilaçlara duyarlılığının saptanmasında antibiyotikli Löwenstein-Jensen besiyerinde proporsiyon yönteminin BACTEC 460 TB sistemi ile karşılaştırılması(2011) Mustafa Demirci; Can Bicmen; Nuri ÖZKÜTÜK; Gül Süreyya YURTSEVER; T. Ayriz GÜNDÜZ; Serkan SALMANBu çalışmada, Mycobacterium tuberculosis kompleks suşlarının birinci seçenek antitüberküloz ilaçlara karşı duyarlılığının saptanmasında, BACTEC 460 TB sistemi ve ticari olarak sağlanan hazır antibiyotikli Löwenstein-Jensen (LJ) besiyerinde uygulanan proporsiyon yönteminin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, 2006-2010 yılları arasında laboratuvarımızda klinik örneklerden izole edilen toplam 238 suş dahil edilmiştir. İzolatların streptomisin, izoniazid, rifampisin ve etambutol duyarlılıkları, ticari olarak sağlanan hazır LJ besiyerleri (Salubris AŞ, İstanbul) kullanılarak üretici firmanın önerileri doğrultusunda proporsiyon yöntemine göre araştırılmış ve sonuçlar BACTEC 460 TB (Becton Dickinson, ABD) sistemiyle alınan sonuçlarla karşılaştırılmıştır. Çalışmaya alınan 238 M.tuberculosis suşunun streptomi sin, izoniazid, rifampisin ve etambutole karşı direnç oranları BACTEC 460 TB sistemiyle sırasıyla %19.7, %42, %40.8 ve %18; LJ’de proporsiyon yöntemiyle ise sırasıyla %22.7, %38.7, %37 ve %15.5 olarak saptanmıştır. Her iki yöntem arasında direnç oranları yönünden istatistiksel olarak anlamlı bir fark tespit edilmemiştir (p> 0.05). Hazır LJ besiyerinde ilaç duyarlılık testinin BACTEC 460 TB sistemiyle uyum oranları streptomisin, izoniazid, rifampisin ve etambutol için sırasıyla %85.3, %92.4, %95.4 ve %92.4 olarak bulunmuştur. BACTEC 460 TB sistemi standart yöntem olarak alındığında, LJ besiyerinde proporsiyon yönteminin ilaç direncini saptamadaki duyarlılık ve özgüllüğü sırasıyla streptomisin için %70.2 ve %89; izoniazid için %87 ve %96.4; rifampisin için %89.7 ve %99.3; etambutol için ise %72.1 ve %96.9 olarak belirlenmiştir. İşleme alınma ile raporlanıncaya kadar geçen zaman (raporlama zamanı) karşılaştırıldığında, minimum, maksimum ve ortalama raporlama zamanları BACTEC 460 TB sistemi için 5, 12 ve 8.08 ± 2.65 gün; hazır LJ besiyerinde proporsiyon yöntemi için 15, 42 ve 23.89 ± 6.02 gün olarak saptanmış; raporlanma süreleri arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p= 0.001). Çalışmamızda, majör antitüberküloz ilaçlar için BACTEC 460 TB sistemi ve hazır LJ besiyerinde proporsiyon yöntem sonuçlarının uyumlu olduğu, ancak streptomisin için uyum oranının diğer ilaçlara göre daha düşük bulunduğu izlenmiştir. Hazır LJ besiyerinde duyarlılık testinin daha uzun zamanda sonuç vermesi, manuel çalışma ve görsel değerlendirme için deneyim gerektirmesine karşın, düşük maliyetli olması ve cihaz gerektirmemesi nedeniyle, koşulları otomatize sistemler yönünden elverişli olmayan laboratuvarlarda, standardize edilmiş ve kalitesi onaylanmış LJ besiyerlerinin duyarlılık testi için kullanılabileceği düşünülmüştür.Item Molecular diversity of drug resistant mycobacterium tuberculosis strains in western Turkey(2012) Süheyla SÜRÜCÜOĞLU; RIZA DURMAZ; Ayşe ÖZSÖZ; Selami GÜNAL; Hörü GAZi; Nuri ÖZKÜTÜK; Can BicmenAmaç: Bu çalışmanın amacı Türkiye’nin Batısında izole edilen ilaca dirençli Mycobacterium tuberculosis kökenlerinin moleküler çeşitliliğini ve klonal ilişkisini araştırmaktır. Gereç ve Yöntem: 2006-2009 yılları arasında izole edilen sekizi rifampisine tek ilaç dirençli, 79’u çok ilaca dirençli olmak üzere toplam 87 köken IS6110 RFLP ve spoligotiplendirme yöntemleri ile incelenmiştir. Bulgular: Spoligotiplendirme sonuçlarına göre kökenlerin %7’si öksüz olarak tanımlanmış, %8’i ise SpoIDB4 veri tabanına göre tanımlanamayan ailelere ait bulunmuştur. Kökenlerin ait olduğu aileler LAM (%38), T (%35), Harlem (%7), Beijing (%2), S (%2) ve U (%1) olarak belirlenmiştir. Spoligotiplendirme sonuçlarına göre kümelenme oranı %75 olarak hesaplanmıştır. En baskın (%29) SIT kümesi SIT41’dir. IS6110 RFLP sonuçlarına göre 71 farklı IS6110 kalıbı izlenmiştir. Kökenlerin %26’sında kopya sayısı düşük bulunmuştur. Her iki yöntemin sonuçları birlikte değerlendirildiğinde kümelenme oranı %26 olarak bulunmuştur. Sonuçlar: Bölgemizde izole edilen ilaca dirençli tüberküloz basili kökenlerinin genotipik dağılımı çeşitlilik göstermektedir ve bölgemizde kümelenme oranı düşük bulunmuştur. Ancak ilaca dirençli kökenlerin kontrolü için daha kapsamlı ve uzun süren moleküler epidemiyolojik araştırmalara gereksinim vardır.Item Toplum kökenli Pnömonisi olan erişkin hastalarda konvansiyonel ve multipleks PCR yöntemleriyle bakteriyel etiyolojinin araştırılması(2012) Serir ÖZKAN AKTOĞU; Can Bicmen; Talat ECEMİŞ; Süheyla SÜRÜCÜOĞLU; Semra KURUTEPE; PINAR ÇELİK; Aylin ÖZGEN ALPAYDINToplum kökenli pnömoni (TKP), hayatı tehdit eden ciddi bir hastalık olup, gelişmiş tanı yöntemlerine rağmen olguların %50sinden fazlasında etiyolojik etken saptanamamaktadır. Etiyolojinin belirlenmesinde en sık kullanılan tanı yöntemleri kültür ve serolojik testlerdir. TKP olgularında erken ve doğru teda- vinin mortaliteyi azaltması nedeniyle hızlı ve güvenilir tanı yöntemlerine ihtiyaç vardır. Bu çalışmada, TKPli erişkin hastalarda konvansiyonel yöntemler ve multipleks polimeraz zincir reaksiyonu/reverse line blot hibridizasyon (M-PCR/RLBH) yöntemiyle bakteriyel etiyolojinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, Kasım 2008-Kasım 2010 tarihleri arasında hastanemize başvuran ve klinik olarak TKP tanısı alan 128 olgu (94ü erkek; yaş aralığı: 19-81 yıl, ortalama yaş: 58 yıl) dahil edilmiştir. Hastalardan alınan solunum yolu örnekleri (balgam ve/veya bronkoalveoler lavaj), M-PCR/RLBH (GenID®, Autoimmun Diagnostika GmbH, Almanya) yöntemiyle Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Moraxella catarrhalis, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae ve Legionella pneumophilaya ait nükleik asit varlığı yönünden araştırılmıştır. Örneklerin eş zamanlı olarak, %5 koyun kanlı, çikolata, Haemophilus izolasyon, BCYE (buffered charcoal yeast extract)-selektif agar ve EMB besiyerlerinde kültürü yapılmıştır. Hastaların serum örneklerinde C.pneumoniae IgM ve IgG antikorları, mikroimmünofloresans yöntemiyle (Focus Diagnostic, ABD); L.pneumophila ve M.pneumoniaeya özgül IgM ve IgG antikorları ise indirekt immünofloresan antikor yöntemiyle (Euroimmun, Almanya) araştırılmıştır. Çalışmamızda, TKPli 128 hastanın 59 (%46.1)unda toplam 73 adet bakteriyolojik etken tanımlanmıştır. En sık saptanan mikroorganizma S.pneumoniae olmuş (n= 32, %25), bunu H.influenzae ve M.pneumoniae (n= 9, %7), gram-negatif basiller (n= 10, %7.8), M.catarrhalis (n= 6, %4.7),C.pneumoniae (n= 4, %3.2), L.pneumophila (n= 2, %1.6) ve Staphylococcus aureus (n= 1, %1.4) izlemiştir. Olguların 15 (%11.7)inde atipik etkenler saptanmış; 14 (%10.9) hastada çok etkenli karışık enfeksiyon varlığı izlenmiştir. M-PCR/RLBH yöntemiyle araştırılan mik-roorganizmalar (S.pneumoniae, H.influenzae, M.catarrhalis, C.pneumoniae, L.pneumophila ve M.pneumo-niae) olguların %41.4 (53/128) ünde saptanırken, konvansiyonel yöntemlerle bu etkenler %23.4(30/128) olguda tanımlanmış ve bu fark anlamlı bulunmuştur (p< 0.05). Sonuç olarak verilerimiz, M-PCR/RLBH yönteminin, TKP olgularında bakteriyel etiyolojinin belirlenmesinde konvansiyonel yöntemle-re katkı sağladığını göstermiş (saptama oranı %23.4ten %41.4e yükselmiştir); bölgemizde TKP olgula-rının başlangıç tedavisinin S.pneumoniae, M.pneumoniae ve H.influenzae yı kapsayacak şekilde olması gerektiğini vurgulamıştır.Item Kronik Hepatit B hastalarında prekor/kor mutantlarının sıklığı(2013) Beril ÖZBAKKALOĞLU; Tamer ŞANLIDAĞ; Elçin ALAŞEHİR AKDUMAN; Sinem AKÇALI; Can BicmenAmaç: Son yıllarda viral replikasyon kaybı olmaksızın anti-HBe serokonversiyonu gösteren bazı kronik hepatit B hastalarından izole edilen Hepatit B Virus (HBV) Deoksiribo Nükleik Asit (DNA)’lerinin incelenmesi ile prekor/kor geni üzerindeki mutasyonların varlığı ortaya konmuştur. Bu çalışmada kronik hepatit B hastalarından elde edilen serum örneklerinde prekor/kor mutasyonlarının sıklığı araştırılmıştır. Yöntemler: Bu amaçla seroloji laboratuvarına gelen anti-HBe ve HBV DNA pozitif 69, HBeAg ve HBV DNA pozitif 31 toplam 100 serum örneğinde, INNO-LIPA yönte- miyle prekor/kor mutasyonunun varlığı araştırılmıştır. İstatistiksel analizlerde SPSS 11,5 kullanılarak ki-kare ve varyans analizi testleri yapılmıştır. Bulgular: Altmışsekiz örnekte prekor bölgesinde, 57 örnekte ise kor promoter bölge- sinde mutasyon saptanmıştır. HBeAg pozitif 31 örneğin 11’inde (%35), anti-HBe pozitif 69 örneğin ise 57’sinde (%83) prekor bölgesinde; yine HBeAg pozitif 31 örneğin 10’unda (%32), anti-HBe pozitif 69 örneğin ise 47’sinde (%68) kor promoter bölgesin- de mutasyon tesbit edilmiştir. Hem prekor hem de kor promoter mutasyonları anti- HBe pozitif olan grupta belirgin olarak yüksek bulunmuştur (p<0.05). Sonuç: Sonuç olarak, çalışma grubumuzda prekor/kor mutasyonlarına sık olarak rastlandığından, kronik hepatit B hastalarında tanı ve tedavinin planlanması- izlenmesi aşamalarında bu mutasyonların varlığının araştırılmasının yararlı olacağını düşünmekteyiz.