Browsing by Author "Candan Cicek"
Now showing 1 - 5 of 5
Results Per Page
Sort Options
Item HIV pozitif / AIDS hastalarının tanı ve izlemi için geliştirilen veri tabanı ortamı(2007) Candan Cicek; Özlem TÜNGER; Imre Altuglu; CENGIZ ÇAVUSOGLUGüvenilir verilerin toplanması, bir toplumda HIV/AIDS durumunun saptanmasında ilk basamaktır. HIV kayıt sistemlerinin geliştirilmesi, özellikle verilerin organizasyonu ve analizi açısından yararlıdır. Bu çalışmada, HIV/AIDS'N hasta verilerinin standart bir şekilde toplanmasını amaçlayan bir veri tabanı programı oluşturulmuştur. Bu veri tabanı programında, hastaya ait genel demografik bilgilerin yanı sıra, yakınma ve muayene bulguları, laboratuvar sonuçları, tedavi (antiretroviral veya diğer) ve izlem gibi bilgiler kaydedilebilmekte, gerektiğinde bu bilgiler sorgulanarak rapor haline getirilebilmektedir.Item Temaslılarda tüberküloz enfeksiyonunun tanısı için interferon-gama tam kan testi ile tüberkülin deri testinin karşılaştırılması(2007) Sinem AKÇALI; Süheyla SÜRÜCÜOĞLU; Hörü GAZi; Candan Cicek; Nuri ÖZKÜTÜK; NESE OZTÜRK GÜBES; Galip KÖROĞLULatent tüberküloz (TB) enfeksiyonunun tanısı için kullanılan tüberkülin deri testinin, kullanılan antijenin çevresel mikobakteriler ve BCG susu ile çapraz reaksiyonuna bağlı yalancı pozitif sonuçlar vermesi, immünsüpresyon durumunda ya da yanlış uygulama sonucu yalancı negatif sonuçların alınabilmesi ve testin uygulama ve değerlendirme zorlukları gibi birçok dezavantajı vardır. Son yıllarda geliştirilen bir yöntemde ise, Mycobacterium tuberculosis'e özgül antijenlerin uyarısı ile tam kanda interferon (IFN)-gama üretimi ölçülebilmektedir. Bu yöntemde kullanılan ESAT-6 ve CFP-10 antijenleri, BCG aşı susunda ve birçok çevresel mikobakteride bulunmadığından, T hücre yanıtını belirleyen IFN-gama düzeyinin tüberküloz basiline özgül olduğu kabul edilmektedir. Bu çalışmanın amacı, temaslılarda latent tüberküloz enfeksiyonunun belirlenmesinde tüberkülin deri testi ile tam kan IFN-gama testinin (QuantîFERON®-TB Gold, Cellestis Ltd, Carnegie, Victoria, Australia) karşılaştırılmasıdır. İki test sonucunun karşılaştırılmasında Kappa (K) uyum analizi metodu kullanılmış; K değerinin <0.4 olması zayıf, 0.4-0.75 olması orta ve >0.75 olması yüksek uyum olarak kabul edilmiştir. Çalışmaya üç farklı risk grubundan toplam 233 hasta alınmıştır. Grup 1; yayma pozitif indeks olgu ile temas eden aile içi temaslılardan (n=133), Grup 2; yayma pozitif indeks olgu ile temas eden aile dışı temaslılardan (n=46) ve Grup 3; TB'lu hastalarla ya da örnekleriyle ilişkisi olan sağlık personelinden (n=74) oluşmaktadır. Çalışılan olgularda tüberkülin deri testi %37, IFN-gama testi ise %42 pozitif sonuç vermiştir. Olgu grupları arasında tüberkülin deri testi pozitifliği yönünden önemli bir fark saptanmamış (p>0.05), ancak IFN-gama kan testi pozitifliği, aile içi temaslılarda diğer iki gruptan daha yüksek (%51.3, p=0.013) bulunmuştur. Toplam 233 olgunun %65.7'sinde test sonuçları zayıf ölçüde uyumlu (K=0.28, p<0.001), aşısız olgularda ise orta derecede uyumlu bulunmuştur (%72.7, K=0.44). İki test arasındaki uyum gruplara göre irdelendiğinde; Grup 1 için %64.6 (K=0.3), Grup 2 için %71.7 (K=0.32) ve Grup 3 için %63.5 (K=0.21) olmak üzere zayıf düzeyde saptanmıştır. Sonuç olarak IFN-gama kan testinin, özgülantijenlerin kullanılması nedeniyle aşılamadan etkilenmemesi, kolay uygulanabilir olması ve objektif kantitatif sonuç vermesi gibi avantajlarının yanında, maj-iyetinin yüksek olması ve laboratuvar donanımı gerektirmesi gibi dezavantajları vardır. Dolayısıyla enfeksiyon prevalansının ve aşılanma oranlarının yüksek olduğu ülkemizde, bu yöntemin değerinin sınırlı olduğu düşünülmüştür.Item Chlamydia trachomatis tanısında kullanılan hücre kültürü, hibridizasyon ve direkt flöresan antikor testlerinin karşılaştırılması(2011) Seda VATANSEVER; Beril ÖZBAKKALOĞLU; Candan Cicek; Talat ECEMİŞ; Sermet Sağol; Elçin AKDUMANAMAÇ: Bu çalışmanın amacı genital Chlamydia trachomatis enfeksiyonlarının tanısında hibridizasyon ve direkt flöresan antikor testlerinin güvenilirliğini araştırmaktır. YÖNTEMLER: Yüz infertil kadından alınan servikal sürüntü örneği hibridizasyon, direkt flöresan antikor testi ve standart tanı yöntemi olan hücre kültür yöntemi ile incelenerek testlerin duyarlılık, özgüllük, pozitif ve negatif prediktif değerleri karşılaştırılmıştır. BULGULAR: Örneklerin 11’inde hücre kültürü ile C. trachomatis saptanmıştır. Direkt flöresan antikor testi ile yedi, hibridizasyon testi ile 19 örnek pozitif bulunmuştur. Direkt flöresan antikor ve hibridizasyon testleri için duyarlılık sırasıyla %54,5, %81,8; özgüllük %98,9, %88,8; pozitif prediktif değer %85,7, %47,4; negatif prediktif değer %94,6, %97,5 olarak hesaplanmıştır. SONUÇ: Sonuç olarak C. trachomatis tanısında tek bir yöntemin yeterli duyarlılık ve özgüllüğe sahip olmadığı, alınan sonuçların ikinci bir yöntem ile doğrulanması gerektiği ve hibridizasyon yönteminin diğer yöntemlere oranla hızlı ve etkin olduğu sonucuna varılmıştır.Item Klinik örneklerden izole edilen adenovirusların PCR ve DNA dizi analizi yöntemiyle tiplendirilmesi(2012) Sinem AKÇALI; Tamer ŞANLIDA; Mehmet Yalaz; Candan Cicek; Dilek Yeşim Metin; Murat SAYANAdenoviruslar, üst ve alt solunum yolu enfeksiyonları (sırasıyla ÜSYE ve ASYE), konjunktivit, gastroen-terit ve hemorajik sistit gibi çeşitli enfeksiyon hastalıklarının etkeni olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu çalışmada, klinik örneklerden izole edilen adenovirusların polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve DNA dizi analizi yöntemi kullanılarak tiplendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, 01 Ocak 2011-31 Mayıs 2011 tarihleri arasında rutin viroloji laboratuvarımıza gönderilen çeşitli klinik örneklerden (295 nazofarengeal sürüntü, 42 konjunktival sürüntü, 13 dışkı) izole edilen 22 adenovirus (AdV) suşu dahil edilmiştir. Pozitif örnekler(14 nazofarengeal sürüntü, 7 konjunktival sürüntü, 1 dışkı), ASYE (n= 8), ÜSYE (n= 6), konjunktivit (n=7) ve gastroenterit (n= 1) klinik tablolarıyla başvuran sekizi erişkin (dördü erkek; medyan yaş: 32.5 yıl), 14ü çocuk (yedisi erkek; medyan yaş: 1 yıl) hastaya aittir. Hızlı (shell vial) hücre kültürü yöntemiyle izole edilen ve direkt immünfloresan antikor yöntemiyle tanımlanan AdV pozitif örnekler, hekzon genininhipervariable region 1-6 yı hedefleyen PCR ve DNA dizi analizi yöntemiyle tiplendirilmiştir. Viral DNA amplifikasyonu Lu ve Erdmanın tanımladığı PCR primerleri (Adhex F1, Adhex R1) kullanılarak yapılmış; ilk reaksiyonda dizi analizi için yeterli ürün elde edilmediğinde Adhex F2 ve Adhex R2 primerleri ile nes-ted PCR uygulanmıştır. Dizi analizi, amplifikasyon primerleri ve Sequence Reagent Mix-DYEnamic ET Terminator Cycle Sequencing kiti (Amersham Pharmacia Biotech Inc, ABD) kullanılarak ABI PRISM 310 Genetic Analyzer cihazında (Applied Biosystems, ABD) gerçekleştirilmiştir. Elde edilen AdV DNA dizilerinin BLAST analiziyle tiplendirilmesi sonunda, serotip 3, 4 ve 8 olmak üzere üç farklı tip saptanmıştır. Çalışmamızda, biri gastroenterit, altısı ÜSYE ve ASYE olan toplam 7 (%31.8) hastanın AdV tip 3; yedisi kon-junktivit, beşi ÜSYE ve ASYE olan toplam 12 (%54.5) hastanın AdV tip 8; biri ÜSYE ve ikisi ASYE olan 3(%13.7) hastanın ise AdV tip 4 ile enfekte olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak bu çalışmada, AdV tip 8, konjunktivit ve ÜSYE olan hastalarda, AdV tip 3 ise ASYE olan hastalarda en sık saptanan tipler olmuştur. Adenovirusların moleküler tiplendirmesinde BLAST analizinin en uygun yöntemlerden birisi olduğu düşünülmüştür. Ülkemizde, daha fazla örnek sayısı ile adenovirus enfeksiyonlarında tiplerin belirlenmesine yönelik çalışmaların yapılması, ulusal epidemiyolojik verilerin birikmesi açısından önem taşımaktadır.Item Alt solunum yolu enfeksiyonu olan pediatrik hastalarda insan metapnömovirus prevalansının saptanması(2012) eylem ulaş saz; Candan Cicek; Yeliz OZANANAR; MUHTEREM DUYU; AYŞEGÜL AKSOY GÖKMENParamyxoviridae ailesinde yer alan insan metapnömovirusu (human metapneumovirus; hMPV), özellikle çocuklarda alt solunum yolu enfeksiyonu (ASYE) etkeni olarak 2001 yılında tanımlanmıştır. Yapılan çalışmalarda, ASYE olan olgularda hMPV prevalansının %2-25 arasında değiştiği, hMPVnin çocukluk çağı ASYElerinin %10undan sorumlu olduğu ve solunum yolu enfeksiyonu nedeniyle hastaneye yatırılan üç yaşın altındaki çocukların %6sında etken olarak saptandığı bildirilmektedir. Bu çalışmada, bölgemizde ASYE olan çocuklarda hMPV prevalansının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, Ocak 2009-Aralık 2009 tarihleri arasında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesine başvuran ve klinik olarak ASYE tanısı konulan 0-10 yaş arası (medyan yaş: 4.8), 59u erkek olmak üzere 100 hastadan, semptomların ilk üç gününde alınan nazofarengeal sürüntü örnekleri dahil edilmiştir. Örneklerde hMPV varlığı, HEp-2 hücre dizilerinin kullanıldığı hızlı (shell vial) hücre kültürü yöntemi ve gerçek zamanlı revers transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu (rRT-PCR) ile araştırılmıştır. Yöntemler klinik örneklere eş zamanlı olarak uygulanmış ve her iki yöntemde pozitif kontrol olarak, Erasmus Üniversitesinden sağlanan standart hMPV suşları ve dış kalite kontrol amacıyla QCMD-2009 hMPV paneli kullanılmıştır. Çalışmamızda hücre kültürü yönte- miyle 11 örnekte, rRT-PCR yöntemiyle ise iki örnekte pozitiflik saptanmıştır. Hücre kültürü ile pozitif bulunan 11 örneğin ikisi rRT-PCR yöntemiyle de pozitif bulunmuş; diğer dokuz örnek sadece hücre kültürüyle pozitif sonuç vermiştir. Uyumsuz sonuçları gidermek amacıyla her iki yöntem de tekrarlanmış ve aynı sonuçlar elde edilmiştir. Bu çalışmada kullanılan ticari rRT-PCR (RealAccurateTM, Pathofinder, Hollanda) testiyle QCMD-2009 panelinin beş standart örneğinde uyumlu sonuçlar bulunurken, pozitif olan bir standart örnek (hMPV A genetik grubu, Ct değeri: 37.31) negatif olarak tespit edilmiştir. Sonuç olarak çalışmamızda, ASYE olan pediatrik hasta grubunda hMPV prevalansı hücre kültürü yöntemiyle %11 oranında saptanmış; hMPV pozitif çocukların yaşlarının 6 ay-7 yaş arasında olduğu (medyan yaş: 20 ay), hastaların genellikle kış aylarında başvurduğu ve bronşiyolit tanısıyla izlendiği belirlenmiştir. Ayrıca bu çalışmada kullanılan rRT-PCR testinin düşük viral yüke sahip hMPV A genetik grubunu içeren örneklerde virusu saptamada yetersiz kaldığı düşünülmüştür. Dolayısıyla hMPV tanısında kullanılacak yeni geliştirilen moleküler yöntemlerin standardizasyonu sağlanıncaya kadar, hücre kültürü yöntemiyle birlikte uygulanmasının yararlı olacağı sonucuna varılmıştır.