Browsing by Author "Murat SAYAN"

Now showing 1 - 2 of 2
  • No Thumbnail Available
    Item
    Klinik örneklerden izole edilen adenovirusların PCR ve DNA dizi analizi yöntemiyle tiplendirilmesi
    (2012) Sinem AKÇALI; Tamer ŞANLIDA; Mehmet Yalaz; Candan Cicek; Dilek Yeşim Metin; Murat SAYAN
    Adenoviruslar, üst ve alt solunum yolu enfeksiyonları (sırasıyla ÜSYE ve ASYE), konjunktivit, gastroen-terit ve hemorajik sistit gibi çeşitli enfeksiyon hastalıklarının etkeni olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu çalışmada, klinik örneklerden izole edilen adenovirusların polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve DNA dizi analizi yöntemi kullanılarak tiplendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, 01 Ocak 2011-31 Mayıs 2011 tarihleri arasında rutin viroloji laboratuvarımıza gönderilen çeşitli klinik örneklerden (295 nazofarengeal sürüntü, 42 konjunktival sürüntü, 13 dışkı) izole edilen 22 adenovirus (AdV) suşu dahil edilmiştir. Pozitif örnekler(14 nazofarengeal sürüntü, 7 konjunktival sürüntü, 1 dışkı), ASYE (n= 8), ÜSYE (n= 6), konjunktivit (n=7) ve gastroenterit (n= 1) klinik tablolarıyla başvuran sekizi erişkin (dördü erkek; medyan yaş: 32.5 yıl), 14ü çocuk (yedisi erkek; medyan yaş: 1 yıl) hastaya aittir. Hızlı (shell vial) hücre kültürü yöntemiyle izole edilen ve direkt immünfloresan antikor yöntemiyle tanımlanan AdV pozitif örnekler, hekzon genininhipervariable region 1-6 yı hedefleyen PCR ve DNA dizi analizi yöntemiyle tiplendirilmiştir. Viral DNA amplifikasyonu Lu ve Erdmanın tanımladığı PCR primerleri (Adhex F1, Adhex R1) kullanılarak yapılmış; ilk reaksiyonda dizi analizi için yeterli ürün elde edilmediğinde Adhex F2 ve Adhex R2 primerleri ile nes-ted PCR uygulanmıştır. Dizi analizi, amplifikasyon primerleri ve Sequence Reagent Mix-DYEnamic ET Terminator Cycle Sequencing kiti (Amersham Pharmacia Biotech Inc, ABD) kullanılarak ABI PRISM 310 Genetic Analyzer cihazında (Applied Biosystems, ABD) gerçekleştirilmiştir. Elde edilen AdV DNA dizilerinin BLAST analiziyle tiplendirilmesi sonunda, serotip 3, 4 ve 8 olmak üzere üç farklı tip saptanmıştır. Çalışmamızda, biri gastroenterit, altısı ÜSYE ve ASYE olan toplam 7 (%31.8) hastanın AdV tip 3; yedisi kon-junktivit, beşi ÜSYE ve ASYE olan toplam 12 (%54.5) hastanın AdV tip 8; biri ÜSYE ve ikisi ASYE olan 3(%13.7) hastanın ise AdV tip 4 ile enfekte olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak bu çalışmada, AdV tip 8, konjunktivit ve ÜSYE olan hastalarda, AdV tip 3 ise ASYE olan hastalarda en sık saptanan tipler olmuştur. Adenovirusların moleküler tiplendirmesinde BLAST analizinin en uygun yöntemlerden birisi olduğu düşünülmüştür. Ülkemizde, daha fazla örnek sayısı ile adenovirus enfeksiyonlarında tiplerin belirlenmesine yönelik çalışmaların yapılması, ulusal epidemiyolojik verilerin birikmesi açısından önem taşımaktadır.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Türkiye’de ilk kez saptanan hepatit B virus genotip E enfeksiyonu
    (2014) Sinem AKÇALI; Tamer ŞANLIDAĞ; AYSE ARIKAN; Murat SAYAN
    Hepatit B virusu (HBV) enfeksiyonları, tüm dünyada önemli bir halk sağlığı sorunudur. HBV, nükleik asit dizi heterojenitesine göre tanımlanan 10 genotip (A-J) içermekte ve bu genotiplerin dünya üzerindeki dağılımı coğrafi bölgelere göre farklılıklar göstermektedir. Ülkemizin değişik bölgelerinde yapılan çalışmalarda, genotip D’nin baskın olduğu gösterilmiş, ancak diğer HBV genotiplerinin de varlığı bildirilmiştir. HBV genotip E hakkındaki epidemiyolojik ve klinik bilgiler sınırlı olsa da, Batı ve Ortadoğu Afrika’da yaygın olarak bulunduğu bilinmektedir. Bu raporda, ülkemizde ilk kez tanımlanan bir HBV genotip E enfeksiyonu olgusunun sunulması amaçlanmıştır. Beş yıldır Manisa’da ikamet eden ve iş hayatına sahip 22 yaşında Nijerya uyruklu bir erkek olgu, rutin sağlık tarama testleri için Celal Bayar Üniversitesi Hastanesine başvurmuştur. Yapılan tetkikler arasında HBsAg testinin pozitif olarak saptanması üzerine hastadan yeni kan örneği alınarak HBV belirteçleri ayrıntılı olarak araştırılmıştır. Hastanın laboratuvar bulguları; HBsAg 21 IU/ml, anti-HBs (-), HBeAg (-), anti-HBe (+), anti-HBc (+), anti-HCV (-), anti-HIV (-), ALT: 44 U/L, AST: 45 U/L olarak belirlenmiş; gerçek zamanlı PCR yöntemiyle (Artus HBV QS RGQ Qiagen, Almanya) HBV-DNA düzeyi 700 IU/ml olarak saptanmıştır. Hastanın serum örneğinden izole edilen HBV-DNA’sı PCR ile çoğaltılmış ve HBV polimeraz gen bölgesi direkt dizileme yöntemiyle dizilenmiştir. Virusun genotipi, UPGMA yöntemi ile yapılan filogenetik analiz ve hastada olası çoklu HBV genotip enfeksiyonunun belirlenmesi amacıyla uygulanan Inno-LiPA HBV genotiplendirme (Innogenetics, Belçika) yöntemi ile genotip E olarak belirlenmiştir. HBV izolatının polimeraz geni parsiyel dizileri, global sürveyansa katkı sağlaması amacıyla uluslararası DNA veri bankasına (Gen Bank) yüklenmiştir. Ülkemizde ilk kez bildirilen bu olgu, Türkiye’de yaygın olan HBV genotip D dışında diğer genotiplerin de olabileceğini vurgulamaktadır. Olgumuz, ülkemize gelmeden önce de inaktif HBsAg taşıyıcısı olduğundan importe olgu özelliği taşımaktadır. Sonuç olarak, farklı HBV genotiplerinin tanımlanması ve epidemiyolojik ve moleküler özelliklerinin belirlenmesi, ulusal ve global HBV sürveyansı açısından önemli olabileceği gibi, genotip tayininin yapılması, klinik yaklaşımların da daha bilinçli olmasına olanak sağlayabilir.