Browsing by Subject "Mikroskopi"
Now showing 1 - 15 of 15
Results Per Page
Sort Options
Item Kornea yüzeyinde uzun süreli kalan yumuşak kontakt lensin incelenmesi(2005) Uğur KÖKTÜRK; Nejat TOPÇUOĞLU; Özcan Rasim KAYIKÇIOĞLU; HATICE YILMAZUzun süre göz yüzeyinde kalmış bir yumuşak kontakt lensin ve üzerindeki birikintilerin incelenmesi amaçlandı. Absolü glokomlu ve büllöz keratopatili bir hastanın muayenesinde korneaya sıkıca yapışan bir kontakt lens farkedildi. Hasta öyküsünde kontakt lensin 11 yıl boyunca gözde kalmış olduğu ifade edildi. Çıkarılan kontakt lens önce stereomikroskop, sonra tarayıcı elektron mikroskop (SEM) ve element analizi ile incelendi. Kontakt lens yüzeyi stereomikroskobi ve SEM incelemesinde kapak aralığı alanında bölgesel olarak yoğunlaşan yaygın birikintilerle kaplıydı. Kontakt lens birikintilerinin SEM görünümlerinde düzensiz yüzeyde irili ufaklı kabarıklıklar ve aralarındaki çatlaklar izlendi. Yoğun kontakt lens birikintilerinin element analizi incelenmesinde küçük bir miktar kalsiyum (Ca), potasyum (K) ve sülfür (S); yüksek miktarda magnezyum (Mg) ve silisyum (Si) içeriği bulundu. Uzun süre kornea yüzeyinde kalan kontakt lens üzerinde gelişen yoğun birikintilerin granüler görünümde olup, düşük miktarda kalsiyum içerdiği saptandıItem Computer assisted image analysis of peroxidase stained endometrial tissue(2006) Ahmet Barış TOPRAK; Seda VATANSEVER; Kemal OzbilginAmaç: İmmunohistokimyasal incelemede parafinde bloklanmış veya donmuş kesitlerde, hücre yapılarındaki antijenleri saptamak ve yerlerini belirlemek için antikorlar kullanılır. Günümüzde immünohistokimyasal olarak boyanmış dokuları incelemek için bilgisayar destekli görüntü analiz teknikleri bir hayli yaygındır, ancak bu amaçla kullanılan programlar oldukça pahalıdır. Bu çalışmada, yaygın olarak bulunabilen iki bilgisayar programı kullanarak bilgisayar destekli görüntü analizi (BDGA) yapmanın mümkün olduğunu göstermeyi hedefledik. Yöntemler: İnsan endometrial dokusunda NOS antikoru ile boyanmış ve peroksidaz ile işaretlenmiş alanları ayırt etmek için yaygın olarak bulunan Adobe Photoshop CS ve ImageJ bilgisayar programları kullanıldı. İlgili doku resimlerinde bu iki program kullanılarak BDGA teknikleri uygulandı. Bulgular: Boyanma yoğunluğuna göre resim grupları arasında her bir boyanma şiddeti düzeyinde anlamlı bir fark vardı (P < 0.001, P < 0.05 ve P < 0.001). Resimlerin öznel değerlendirilmesi, nesnel olarak yapılan BDGA ile uyum içerisindeydi. Bir (+) pozitif boyanan alanlar 1. grupta en fazla, grup 2 ve 3'de ise daha azdı (P < 0.001 ve P < 0.001). Gözlemci tarafından en yoğun boyanmış olarak değerlendirilen grup 3 ise ++ boyanmanın en fazla saptandığı gruptu. Sonuç: BDGA, immünohistokimyasal teknikler kullanılarak boyanan dokuları incelemek için güvenilir ve etkin bir yoldur.Item İzmir körfezinde yaşayan kaya balıklarında (gobius niger) solungaç dokusunda oluşabilecek toksit etkinin ışık mikroskobik incelenmesi(2007) Selma KATALAY; E. MİNARECİ; İ. TUĞLUAmaç: Sudaki kirleticiler gelisim sırasında birikim yolu ile doku hasarı olusturarak doğa insan ve hayvan sağlığı üremesi için tehdit olusturmaktadır. Çalısmada, Đzmir körfezinden toplanan indikatör Gobius balıklarında histopatolojik çalısma ile toksisitenin solungaç dokusundaki etkisinin arastırlması ve beslenme yolu ile sıçanlara olan yansıması amaçlanmıstır. Gereç ve Yöntem: Kirliliğinin çevre sağlığına olan etkilerini belirlememek için Đzmir körfezinin temiz ve kirli bölgeleri olarak farklı iki bölgesinden toplanan kaya balıklarının (Gobius niger) solungaç dokuları çıkarılarak formaldehit fiksasyonunu takiben parafin bloklandı ve alınan kesitler hematoksilen – eosin ile boyandı. Disseksiyon mikroskobu ile makroskobik, ısık mikroskobu ile histolojik görüntüler bilgisayar ortamına aktarılarak, skorlama ve morfometrik analizleri yapıldı. Balıklar öğütülerek sıçanların sularına karıstırılıp, gebe kalma, doğurma ve doğan yavruların 3 aylık büyümeleri izlendi. Bulgular: Toksik etkiden en fazla etkilenmesi beklenen solungaçların, minimal düzeyde epitel ve lameller hasar gösterdiği yapısal değisiklikler, eğer teknik nedenlerle olusmadı iseler temizlenmekte olan Đzmir körfezinde hala kirliliğin varlığına isaret edebilir. Bu balıklarla beslenen sıçanların gebe kalmalarında, gelismelerinde, doğan yavruların gelisimlerinde, ergenliğinde ve üreme yeteneklerinde hiçbir patoloji saptanmaması bu kirliliğin önemi olmadığını göstermektedir. Sonuç: Solungaç dokusu incelenen balıklarda toksik etkinin minimal değisiklikler olarak gözlenmesi hala çevre kirliliğinin varlığına isaret etmekte, sediment örnekleri ve dokuda toksik madde birikimi verileri ile doğrulanması gerekmektedir. Bu balıklarla beslenmis sıçanlarda hem gebelikte hem de gelisimde patolojiye rastlanmaması, balıkta saptanan minimal toksik etkinin insan sağlığına tehdit olusturmadığını düsündürmektedir. Bu tür çalısmaların daha ileri tekniklerle gelistirilmesi, çevre kirliliğinin biyolojik canlılara ve beslenmede oynadığı rol nedeniyle insan sağlığına etkilerinin anlasılmasına büyük yararlar sağlayacaktır.Item Ülseratif kolit olgularında standart konvansiyonel endoskopi mi, dar bant yöntemi ile yapılan endoskopi mi şiddet belirlemede etkindir?(2012) Müjdat ZEYBEL; semin ayhan; Hafize KURT; Elmas KASAP; Hakan YüceyarAmaç: Bu çalışmada amacımız ülseratif kolit olgularında endoskopik değerlendirmede, standart yöntem ve dar bant görüntüleme arasında fark olup olmadığı ve her iki tekni¤in histopatolojik bulgular ile karşılaştırılması dır. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya ülseratif kolit tanısıyla takip ve tedavi edilen ve kolonoskopi uygulanan 30 hasta (16 kadın, 14 erkek) prospektif olarak dahil edilmiştir. Tüm olgulara kolonoskopi uygulanmış ve biyopsi alınmıştır. Bulgular: Dar bant görüntülemede standart endoskopiye göre normal endoskopik bulgunun anlamlı olarak daha az görüldü- ¤ü bulunmuştur (p=0.015). Vasküler paternin kaybolması dar bant görüntülemede standart endoskopiye göre daha anlamlı olarak değerlendirildiği görülmüştür (p=0.04). Standart endoskopide normal olarak değerlendirilen fakat histopatolojik olarak normal çıkmayan tüm vakalarda histopatolojik olarak hafif ve orta şiddette inşamasyon tespit edilmiştir. Hafif-orta şiddette inflamasyon ise histopatolojik olarak standart endoskopiye oranla anlamlı olarak yüksek çıkmıştır (p=0.015). Sonuç: Ülseratif kolit olgularında özellikle düşük hastalık aktivitesi olan hastaların endoskopik değerlendirmesinde dar bant görüntüleme tekniği standart konvansiyonel endoskopiye göre daha değerli olmasına rağmen dar bant görüntüleme yöntemi ile erken malignite tespitinde çok merkezli ve daha uzun süreli hastalığa (10 yıl ve üzeri) sahip olan hastalar ile değerlendirme yapılmasının uygun olacağı kanaatindeyiz.Item Dispeptik olgularda ultrasonografinin yeri(2012) Elif Tuğba TUNCEL; Selim SERTER; Elmas KASAP; Hakan YüceyarGiriş ve Amaç: Dispepsi, yüksek sıklıkta görülmesi nedeniyle toplumların önemli bir sağlık sorunudur. Gastroskopi ve üst batın ultrasonografisi dispeptik hastalarda en sık kullanılan tetkiklerdir. Çalışmamızın amacı, dispepsi tanısı olan hastalarda üst batın ultrasonografi bulgularının retrospektif olarak değerlendirilmesi ve ultrasonografinin dispeptik olgulardaki yerinin araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntem: Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Gastroenteroloji Polikliniğinde dispepsi tanısı alan ve batın ultrasonografisi yapılmış olan 180 olgu ve 176 kontrol grubu çalışmaya dahil edildi. Bulgular: Dispepsi tanılı hastaların %23’ünde, kontrol grubunun ise %51’inde batın ultrasonografisi normal olarak saptandı. Normal ultrasonografi bulgularının kontrol grubunda dispeptik olgulara göre istatistiksel anlamlı olduğu saptandı (p<0.00004). Dispepsi tanılı hastaların %36’sında, kontrol gurubunun ise %13’ünde batın ultrasonografisinde safra kesesi taşı olduğu saptandı. Safra kesesi taşı görülme sıklığının dispeptik olgularda, kontrol gurubuna göre istatistiksel anlamlı olduğu görüldü (p<0.0001). Sonuç: Ultrasonografi, dispeptik olgularda mutlaka tanıda kullanılması gereken laboratuvar tetkiklerinden biri olmalıdır.Item Effect of slice step size on prediction of natural vibration properties of bone tissue(2012) GÖKHAN ALTINTAŞSeveral vibration analysis procedures are used for determination of the levelof bone loss, status of implant stability, modal damping factor and numerous otherproperties of tissues. The detection methods of bone properties are to compare theresults of theoretical work with practical results. So, there are many options forprocessing of image data and establishing the finite element (FE) model thatdifferentiation of calculated outputs is inevitable. Uncertainty of outputs can lead tomistakes while mechanical parameters or behaviors of tissue are determined. In thisstudy, the effect of Micro-CT scanning intensity in connection with the reconstructionprocess on properties of the modal behavior of bone tissue were investigated. Resultshave shown that examined parameters have important effects on numerical values of thenatural frequencies and modal behaviors. Furthermore, it has been revealed thatnumerical values and mode shapes must be considered together for properlyunderstanding the natural vibration analysis of bone tissue.Item Outcomes of high-risk breast lesions diagnosed using image-guided core needle biopsy: results from a multicenter retrospective study(2023) AYSE NUR OKTAY ALFATLI; ÖZGE ASLAN; FUSUN TASKIN; NERMIN TUNÇBILEK; Gul Esen Icten; PINAR BALCI; Erkin ARIBAL; Levent Çelik; İhsan Şebnem ÖRGÜÇ; Figen Basaran Demirkazik; Serap Gultekin; Ayşe Murat Aydın; Emel DURMAZ; Sibel Kul; Figen Binokay; Meltem Cetin; Ganime Dilek Emlik; Meltem Gülsün Akpınar; Nuray Voyvoda; Ahmet Veysel Polat; Işıl Başara Akın; Seyma Yıldız; Necdet Poyraz; Arzu Ozsoy; Pelin Seher Oztekin; Eda ELVERİCİ; Ilkay bayrak; Turkan Ikizceli; Funda Dinç; Gulten SEZGIN; Gökçe Gülşen; isil Tuncbilek; Sabiha rabia Yalçın; Gül Çolakoglu; SERPİL AĞLAMIŞ; ravza yilmaz; GUNAY RONA; gamze durhan; Davut Can Guner; Fatma Yabul; Leman Gunbey Karabekmez; Burçin Tutar; muhammet göktaş; Onur Buğdaycı; ASLI SUNER; Necmetiin ÖzdemirPURPOSE The clinical management of high-risk lesions using image-guided biopsy is challenging. This study aimed to evaluate the rates at which such lesions were upgraded to malignancy and identify possible predictive factors for upgrading high-risk lesions. METHODS This retrospective multicenter analysis included 1.343 patients diagnosed with high-risk lesions using an image-guided core needle or vacuum-assisted biopsy (VAB). Only patients managed using an excisional biopsy or with at least one year of documented radiological follow-up were included. For each, the Breast Imaging Reporting and Data System (BI-RADS) category, number of samples, needle thickness, and lesion size were correlated with malignancy upgrade rates in different histologic subtypes. Pearson’s chi-squared test, the Fisher–Freeman–Halton test, and Fisher’s exact test were used for the sta- tistical analyses. RESULTS The overall upgrade rate was 20.6%, with the highest rates in the subtypes of intraductal papilloma (IP) with atypia (44.7%; 55/123), followed by atypical ductal hyperplasia (ADH) (38.4%; 144/375), lobular neoplasia (LN) (12.7%; 7/55), papilloma without atypia (9.4%; 58/611), flat epithelial atypia (FEA) (8.7%; 10/114), and radial scars (RSs) (4.6%; 3/65). There was a significant relationship between the upgrade rate and BI-RADS category, number of samples, and lesion size Lesion size was the most predictive factor for an upgrade in all subtypes. CONCLUSION ADH and atypical IP showed considerable upgrade rates to malignancy, requiring surgical excision. The LN, IP without atypia, pure FEA, and RS subtypes showed lower malignancy rates when the BI-RADS category was lower and in smaller lesions that had been adequately sampled using VAB. After being discussed in a multidisciplinary meeting, these cases could be managed with follow-up instead of excision.Item Cyclamen hederifolium Aiton ve C. persicum Mill. (Primulaceae) Türlerinin Morfolojik, Anatomik, Palinolojik ve Toprak Özellikleri Bakımından İncelenmesi(2023) yeliz uçkun; Kemal YıldızBu çalışmada, İzmir ve çevresinde yetişen Cyclamen hederifolium ve C. persicum türleri morfolojik, anatomik, palinolojik ve türlerin yetiştiği toprak özellikleri incelenmiştir. İncelenen türlerin betimleri genişletilmiştir. Mikromorfolojik incelemeler, stereo ve taramalı elektron mikroskobu (SEM) ile yapılmıştır. Tohum şekillerinin C. hederifolium türünün dikdörtgensi-yamuk, C. persicum türünün ise, elips şeklinde olduğu tespit edilmiştir. Türlere ait gövde ve yaprak enine kesitleri alınmış ve anatomik özellikleri ışık mikroskobunda incelenmiştir. Polen özellikleri, ışık mikroskobu ve taramalı elekron mikroskobu (SEM) incelenmiştir. Palinolojik incelemelerle, polen şekillerinin her iki türde de sferoidalden oblata kadar, izopolar, yüzey ornemantasyonlarının psilat, skabrat, apertür durumlarının ise, trikolpat olduğu belirlenmiştir. Bu nedenle, incelediğimiz türlerin ayrımınında polen yapılarının kullanılamayacağı sonucuna varılmıştır. Toprak özelliklerini belirlemek için, türlerin yetişme alanından alınan toprak örneklerinin analizleri yapılarak, element istekleri belirlenmiştir. Toprak özellikleri bakımdan, türlerin pH değerleri hafif alkali, tuzsuz, killi tınlı, C. hederifolium türünün orta ve çok kireçli, organik madde bakımından fakir, orta, yüksek, C. persicum türünün ise az kireçli, organik madde bakımından yüksek yüzdeli toprakları tercih ettiği tespit edilmiştir. Çalışmanın sonunda, türlerin morfolojik bakımından birbirinden kolaylıkla ayırt edilebildiği ve yetişme alanlarının genellikle benzer olduğu belirlenmiştir.Item Digital Evaluation of the Changes in Eyelid and Ocular Surface Measurements and the Correlation of These Parameters with Visual Field Parameters After Upper Eyelid Blepharoplasty(2023) Gülşah Gümüş; Gamze Ozturk Karabulut; KORHAN FAZIL; ZEHRA KARAAĞAÇ GÜNAYDIN; Kubra Serefoglu Cabuk; Damla AkmanObjectives: We aimed to evaluate the change in eyelid and ocular surface parameters that were measured using a digital measurement program, the change in the visual field (VF), and the correlation between ocular surface area (OSA) and VF parameters in patients who underwent upper eyelid blepharoplasty for involutional dermatochalasis. Methods: Patients who underwent upper eyelid blepharoplasty for involutional dermatochalasis between August 2015 and August 2019 were included in the study. The difference between preoperative and postoperative 3rd month values of manually measured margin reflex distance 1 (MRD1), digitally measured eyelid and ocular surface parameters (MRD1, MRD 2 [MRD2], upper eyelid crease height [ECH], pretarsal show height [PTH], eyebrow line-height [EBH] and OSA), and VF parameters were evaluated. The correlation between preoperative and postoperative values of manually and digi- tally measured MRD1 and also preoperative and postoperative values of OSA and VF parameters were analyzed. Results: Thirty-six eyes from 36 patients were included in this study and the mean age of patients was 57.93±7.64 years. There were statistically significant changes between preoperative and postoperative values in means of the manually measured MRD1 and the digitally measured MRD1, PTH, OSA, and ECH (p<0.001). However, the postoperative changes in the mean MRD2 and EBH were not statistically significant (p=0.664 and p=0.983). There were moderate positive cor- relations between pre- and post-operative OSA values and pre- and postoperative values of manual and digital MRD1. A statistically significant agreement was observed between the change in OSA and the change in all VF parameters (Bland– Altman analysis test). Conclusion: Digital measurements can be used to evaluate the changes in eyelid and ocular surface parameters in pa- tients who underwent upper eyelid blepharoplasty surgery. OSA provides fast results in accordance with linear measure- ments and is compatible with the change in the VF.Item Meme Ultrasonografisinde Kitle Dışı Bulgular ve Ayırıcı Tanı(2023) Sebnem Örgüç; Çağdaş Rıza AçarKitle dışı bulgu (KDB); çevresindeki meme dokusunda farklı eko yapısına sahip, ancak kitle şekli oluştur - mayan bir alandır. Son yıllarda ultrason teknolojindeki gelişmeler nedeniyle ultrasonografi (US) bakıda KDB’ye daha sık rastlanmaktadır. Kontrastlı mamografi ve meme manyetik rezonans görüntülemede sap- tanan KDB’lerin biyopsi rehberliği için ikincil US bakısı da meme radyologlarının günlük US pratiğinde KDB ile karşılaşma sıklığını artırmaktadır. Güncel Meme Görüntüleme, Raporlama ve Data Sistemi ultrason veri sözlüğünde karşılığı bulunmaması nedeniyle KDB’nin ultrason bulgularının tanımlanması ve sınıflanmasın- da da literatürde de farklı yaklaşımlar bulunmaktadır. Sınıflama en sık ekojenite ve dağılım ile yapılmak- tadır. Eşlikçi bulgular; tübüler ve duktal yapılar, arka gölgelenme, yapısal distorsiyon ve kalsifikasyonlardır. Literatürde kitle dışı lezyonların %46-90’ı benign, %10-54’ü malign olarak rapor edilmektedir.Item Indocyanine Green (ICG) / Near-infrared Fluorescent (NIRF) Imaging and Its Applications in Pediatric Surgery(2023) Aydın ŞencanRecently, fluorescent guided surgical procedures have been increasingly used in pediatric surgery and urology. This method is based on the principle that fluorochrome molecules produce radiation at a different wavelength when exposed to laser or near-infrared light of a certain wavelength. Thus, both the vascularization - perfusion of the tissues can be evaluated and the contrast difference in the tissue allows tissues to be distinguished. Today, fluorescent guided surgical procedures are performed with indocyanine green (ICG) and near- infrared fluorescence (NIRF) imaging systems. This technology is used for various purposes such as determining the intersegmental planes of lungs during the operation, imaging the bile ducts, determining the borders of tumors, metastases, and ischemic tissue, evaluating the perfusion of the anastomotic lines. Many surgical procedures are performed more safely and quickly owing to ICG/NIRF imaging. The aim of this article is to summarize the basic features of the ICG/NIRF imaging method, use in pediatric surgery and urology, advantages, limitations, and our experimental experience on this subject in the light of the literature.Item Türkiye Suyosunları (Algler) Listesi'ne Eklentiler(2023) ERGÜN TASKIN; Mehmet Tahir Alp; Murat ÇAKIR; Özgür ÖZBAYBu makalede, Türkiye Suyosunları Listesinde bulunmayan tür ve türaltı seviyede toplam 436 takson [328 Bacillariophyta (Diyatome Bölümü), 32 Cyanobacteria (Mavi-Yeşilbakteriler Bölümü), 1 Dinophyta (Ateşrengisuyosunları Bölümü), 2 Euglenophyta (Öglena Bölümü), 5 Ochrophyta (Sarı Kahverengi Alg Bölümü), 29 Rhodophyta (Kırmızı Algler), 12 Chlorophyta (Yeşil Alg Bölümü), 27 Charophyta (Suşamdanı Bölümü)] ve bu taksonların Türkçe Bilimsel adları verilmiştir.Item ORTA KULAĞA TOPİKAL OLARAK UYGULANAN ANTİFUNGAL İLAÇLARIN OTOTOKSİK ETKİLERİNİN HİSTOPATOLOJİK İNCELENMESİ(2023) Gulay Guclu Aslan; ASIM ASLAN; Seda VatanseverAmaç: Otomikozis tedavisinde kullanılan topikal antifungal ajanların ototoksik yan etkilerinin olup olmadığı hakkında yeterli veri mevcut değildir. Bu çalışmada tolnaftat, sulkonazol, bifonazol, nistatinin ototoksik etkileri histopatolojik olarak incelendi. Yöntem ve Gereçler: 35 adet guinea pig 5 gruba ayrılarak sağ kulaklarına Tolnaftat, Sulkonazol, Bifonazol, Nistatin ve Neomisin (pozitif kontrol) uygulandı. İlaçlar hayvanların sağ timpanik kavitelerine topikal olarak bir haftada üç kez uygulandı. Sol kulakları negatif kontrol grubu olarak değerlendirildi. Tedaviden 2 hafta sonra hayvanlar sakrifiye edilerek kohleaları ışın mikroskopisinde incelendi. TUNEL boyaması yapılarak spiral limbus ve spiral gangliyondaki apopitotik hücre oranları belirlendi. Bulgular: Tolnaftat ve bifonazol uygulanan kulaklarda sulkonazol ve nistatin uygulananlara göre çok daha fazla sayıda apopitotik hücre tespit edildi. Ayrıca bu etkiler sadece spiral limbusda değil spiral gangliyonda da gözlenmiştir. Sonuç: Antifungal ajanlar ototoksisiteye neden olabilirler. Timpan membran perforasyonu olan vakalarda topikal antifungal tedavi için bu etkilerin daha az olduğu sulkonazol ve nistatinin kullanılması daha emniyetli olur.Item Phytochemicals of Hibiscus sabdariffa with Therapeutic Potential against SARS-CoV-2: A Molecular Docking Study(2023) EMEL AKBABA; deniz karatasIn this study, the possible interactions of 17 phytochemicals that were reported as the most abundant biomolecules of Hibiscus sabdariffa, including many organic acids as well as catechin and quercetin derivatives, with 3CLpro and PLpro proteases of SARS-CoV-2 have been investigated via molecular docking. Caffeoylshikimic acid/3CLpro showed the lowest binding energy (-7.72 kcal/mol) with seven H-bonds. The second-lowest binding energy was computed in the chlorogenic acid/3CLpro complex (-7.18 kcal/mol), which was found to form 6 H-bonds. Also, low binding energies of cianidanol (-7.10 kcal/mol), cryptochlorogenic acid (-6.67 kcal/mol), and kaempferol (-6.82 kcal/mol) were calculated to 3CLpro with several H-bond interactions. Nelfinavir (-10.16 kcal/mol) and remdesivir (-6.40 kcal/mol), which have been used against COVID-19, were obtained to have low binding energies to 3CLpro with 3 H-bond formations each. On the other hand, the nicotiflorin/PLpro complex, which had the lowest binding energy (-7.40 kcal/mol), was found to have only 1 H-bond interaction. The second-lowest binding energy was reported in chlorogenic acid/PLpro (-7.20 kcal/mol), which was found to possess four H-bonds. On the other hand, epigallocatechin gallate/PLpro, which was shown to have a -5.95 kcal/mol binding energy, was found to form 8 H-bond interactions. Furthermore, the quercetin pentosylhexoside/PLpro complex was monitored to have low binding energy (-6.54 kcal/mol) with 9 H-bonds, which stands as the highest number of H-bonds in all complexes. Therefore, several molecules of Hibiscus sabdariffa were found to have strong binding affinity to the main proteases of SARS-CoV-2. This study suggests many compounds, including caffeoylshikimic acid and nicotiflorin, to inhibit 3CLpro and PLpro activities. As a result, numerous chemicals derived from Hibiscus sabdariffa have the potential to be employed therapeutically against SARS-CoV-2 infection.Item Sıvı Kristaller Kullanılarak Metisiline dirençli Staphyloccoccus aureus Bakterisinin Tespiti(2023) Emine Kemiklioglu; Ebru Busra TUNCGOVDEMetisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA), halk sağlığı için temel bir patojendir ve bu bakteri genellikle insanlarda ciddi enfeksiyonlara neden olur. Son yıllarda MRSA bakterileri, zaman alıcı ve emek yoğun olan bakteri kültür ve nükleik asit esaslı yöntemlerle tespit edilmektedir. Bu çalışmada, bu sınırlamaların üstesinden gelmek için yeni bir sıvı kristal tabanlı biyoalgılama sistemi geliştirilmiştir. Bu çalışmanın birincil amacı, izotonik su ve fosfat tamponlu salin (PBS) içinde hazırlanan MRSA bakterilerinin varlığını tespit etmekti. Bu sistemde, MRSA bakterilerinin dimetiloktadesil [3- (trimetoksisilil) propil] amonyum klorür (DMOAP) kaplı yüzeye bağlanması, LC'lerin oryantasyonunu bozarak homeotropik bir yönelimden rasgele olana geçişi tetikledi. LC'lerin yönelimindeki bu geçiş, polarize ışık mikroskobu (POM) altında karanlık bir optik LC görüntüsünden parlak bir görünüme bir değişim olarak gözlemlendi ve LC moleküllerinin yansıma değerleri bir spektrometre kullanılarak belirlendi. Bu algılama mekanizması sayesinde, izotonik su içerisinde hazırlanan MRSA bakterileri 9,2x103 CFU/mL ila 9, x107 CFU/mL konsantrasyon aralığında tespit edildi. Ayrıca bu sistem kullanılarak 7.1x104 CFU/mL ile 7.1x108 CFU/mL konsantrasyon aralığında PBS'de hazırlanan MRSA bakterileri tespit edildi.