Browsing by Subject "Viroloji"
Now showing 1 - 18 of 18
Results Per Page
Sort Options
Item Akciğer kanseri ile human metapneumovirus ilişkisi(2007) Ece KAYA; Arzu YORGANCIOĞLU; AYŞIN ŞAKAR COŞKUN; Tamer ŞANLIDAĞ; PINAR ÇELİK; Sinem AKÇALIAkciğer kanseri etiyolojisinde bazı virüslerin varlığı kanıtlanmıştır. Araştırmamızda, akciğer kanserli olguların bronş lavajı ve serum örneklerinde human metapneumovirus (hMPV) rastlanma sıklığının ve akciğer kanseri ile hMPV arasındaki ilişkinin araştırılması amaçlandı. Çalışmaya, 70 akciğer kanseri olgusu ve 30 sağlıklı kontrol grubu alındı. Akciğer kanseri hastalarından alınan bronş lavajı örnekleri ile akciğer kanseri ve kontrol grubundan alınan serum örnekleri çalışılmak üzere -80ºC’de saklandı. hMPV, PCR yöntemiyle araştırıldı. 70 akciğer kanseri olgusunun 65’i (%93) erkek, 5’i (%7) kadındı. Yaş ortalaması 61.44±9.65 (44-81 yaş) idi. Kontrol grubunun 10’u (%33) kadın, 20’si (%67) erkek, yaş ortalaması 51 (40-55 yaş) idi. Akciğer kanserli olguların 54’ü (%77) küçük hücreli dışı akciğer kanseri (KHDAK), 16’sı (%23) küçük hücreli akciğer kanseri (KHAK) tanısı aldı. KHAK’li 16 olgunun 9’u (%56) sınırlı hastalık, 7’si (%4) yaygın hastalık olarak değerlendirildi. KHDAK’li 54 olgunun 22’si (%41) skuamöz hücreli karsinom, 14’ü (%26) adenokarsinom, 2’si (%4) diğer gruptu (1’i nöroendokrin tümör, 1’i büyük hücreli tümör). 16 olguda (%29) ayrımlanma yapılamadı. KHDAK’li olguların 2’si (%4) evre I, 1’i (%1) evre II, 2’si (%4) evre IIIA, 27’si (%50) evre IIIB, 16’sı (%30) evre IV’dü. Olguların 6’sında (%1) evreleme izlem dışı kaldıkları için yapılamadı. Akciğer kanserli olguların bronş lavajı ve serum örneklerinde ve kontrol grubunun serum örneklerinde PCR yöntemi ile hMPV varlığına rastlanmadı. Bu çalışmada ileri yaş, immün yetmezlik, sigara içimi nedeniyle virüs açısından riskli olarak düşünülen akciğer kanseri ile hMPV arasında belirgin bir ilişki bulunamamıştır. Ancak olgu sayısının azlığı, olguların asemptomatik olması ve yöntemle ilgili sorunlar sonuçları etkilemiş olabilirItem Kadınhanı (Konya) yöresi ballarında polen analizi(2007) Hayri BABABu çalışmada Kadınhanı (Konya) yöresindeki beş ayrı yerden toplanan bal örneğinde polen analizi yapılmıştır. İncelenen bal örneklerinde 9’u familya, 27’si cins ve 4’ü tür düzeyinde olmak üzere toplam 40 farklı taksona ait polen tespit edilmiştir. Bu taksonlardan 1’inin polenlerinin dominant (%>45), 2’sinin polenlerinin sekonder (% 16-45), 6’sının polenlerinin minör (% 3-16) ve 31’inin polenlerinin ise eser (%<3) miktarda olduğu belirlenmiştir. İncelenen beş bal örneğinin sadece 1’inde Asteraceae familyasında yer alan Centaurea triumfetti All. türünün polenlerinin dominant (%>45) olduğu görülmüştür.Item Second-line drug susceptibilities of multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates in Aegean Region - Turkey(2008) Beril ÖZBAKKALOĞLU; Süheyla SÜRÜCÜOĞLU; Hörü GAZi; Nuri ÖZKÜTÜK; Ayşe Aydan ÖZKÜTÜK; Meral COŞKUNAmaç: Çok ilaca dirençli tüberküloz (MDR-TB) olgularındaki artış ve standart tüberküloz tedavi rejiminin MDR-TB olgularının tedavisinde yetersiz kalması ikinci kuşak anti tüberküloz ilaçların gereksinimine neden olmaktadır. Bu durumda doğru tedavi rejimine karar vermek için ilaç duyarlılık testleri gereklidir. Fakat ikinci kuşak anti tüberküloz ilaçlarının Türkiye’deki direnç paternini gösteren çok az çalışma vardır. Biz Ege bölgesinden izole edilen çok ilaca dirençli Mycobacterium tuberculosis suşlarının ikinci kuşak antitüberküloz ilaçlarına direncini belirlemeyi amaçladık. Yöntem ve Gereç: Bu çalışmada, BACTEC 460TB radyometrik sistem kullanılarak, Türkiye’nin Ege bölgesinden soyutlanmış 40 MDR-TB suşunun ilaç duyarlılık testi yapıldı. Kapreomisin, etyonamid, kanamisin, amikasin, klofazimin ve oşoksasin sırasıyla 1.25 μg/ml, 1.25 μg/ml, 5.0 μg/ml, 1.0 μg/ml, 0.5 μg/ml ve 2.0 μg/ml konsantrasyonlarında test edildi. Bulgular: Sonuçlar 40 MDR-TB olgusunun etyonamide % 37.5, kapreomisin %25, kanamisin, amikasin ve oşoksasine % 5 ve klofazimine ise % 2.5’inin dirençli olduğunu gösterdi. 40 MDR-TB olgusunun biri genişlemiş ilaç dirençli tüberküloz (extensively drug-resistant tuberculosis: XDR-TB) olarak tanımlandı. Sonuç: Bölgemizde etyonamide ve kapreomisine direnç oranlarının yüksekliğinin MDR-TB’li hastaların tedavisinde sorun olabileceği ve XDR-TB’nin ise bölgemizde şimdilik ciddi bir problem olmadığı görülmüştür.Item Çocukluk çağı alt solunum yolu enfeksiyonlarında yeni etkenler(2010) Senem ALKAN; Hasan Yüksel; Özge YILMAZÇocukluk çağının en sık enfeksiyon grubunu oluşturan alt solunum yolu enfeksiyonlarından (ASYE) sıklıkla viral etkenler sorumlu tutulur. Bunlar arasında Influenza, Parainfluenza, Adenovirüsler ve Respiratuar sinsityel virüs (RSV) yer alır. Son yıllarda, ASYE bulguları olanlarda metapnömovirüs, avian influenza A, H5N1, SARS coronavirüs gibi yeni etkenler saptanmıştır. Paramiksovirüs ailesinden bir RNA virüs olan metapnömovirus, özellikle tropikal ülkelerde ilkbahar ve yaz aylarında sık saptanır. Hem üst hem de alt solunum yolunu ilgilendiren bulgular ile ortaya çıkabilir. RNA virüsü olan Coronavirüsler, sıklıkla ASYE, daha nadiren ise ÜSYE bulguları ile ortaya çıkabilir. SARS (Severe acute respiratory syndrome-ağır akut solunum yetmezliği sendromu), corona virüs ailesine aittir. Küçük DNA virüslerden olan polyomavirüsler ise, asemptomatik gidişten ağrı ASYE bulguları olan klinik tabloya kadar geniş bir yelpazeye neden olurlar. Bocavirusler ise parvovirüs ailesinden olan alt solunum yolu enfeksiyon etkenleridir. İnfluenza ise, H1N1 ve H5N1 gibi farklı serotipleri nedeni ile epidemi ve pandemi nedeni olabilen solunum yolu enfeksiyon etkenidir. Sonuç olarak, ASYE’larının klinik bulguları ve prognozu çoğunlukla nonspesifik olmakla birlikte, etiyolojik etken ile ilişkilidir. Bu nedenle, etken olan ajanlarla ilgili prevalans ve insidansın daha net olarak ortaya çıkarılması için çalışmalara gereksinim vardır.Item Üst solunum yolu infeksiyonlu çocuklarda viral etkenlerin multipleks PCR ile araştırılması(2012) Sinem AKÇALI; Hasan Yüksel; Özge YILMAZ; Tamer ŞANLIDAĞ; Talat ECEMİŞAmaç: Bu çalışmada, akut üst solunum yolu semptomlu çocuklarda test edilmiş “viral solunum paneli” sonuçlarını değerlendirdik. Yöntemler: Toplam 160 semptomlu çocuğun nazofaringeal sürüntü örneklerinin multipleks PCR ile test edilmiş sonuçları incelendi. Bulgular: Hastaların 55 (%34.4)’i pozitifti. Beş hastada (%3.1) çift etken, bir hastada (%0.6) ise üç etken bulundu. En sık olarak insan rinovirüs 14 hastada (%25.4) tespit edildi. Sonuç: Etken viruslarının sıklığının ortaya konulduğu çalışmada, çok sayıda virusu aynı anda ve kısa sürede tespit edebilen multipleks PCR’ın güvenilir bir test olduğu sonucuna varıldı.Item Alt solunum yolu enfeksiyonu olan çocuklarda solunum yolu viral etkenlerinin sıklığı(2013) Tamer ŞANLIDAĞ; Sinem AKÇALI; Murat ANIL; nisel YILMAZ; Özlem GülerAmaç: Alt solunum yolu enfeksiyonları çocuklarda sık görülür ve özellikle erken çocukluk çağında ölüm oranı yüksektir. Bu araştırmada bölgemizde alt solunum yolu enfeksiyonları belirtileri bulunan çocuklarda solunum yolu viral etkenlerinin sıklığının belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışma grubu Ekim 2009-Mart 2010 tarihleri arasında, alt solunum yolu enfeksiyonları belirtileri ile hastaneye başvuran 160 çocuktan (ort. 14,6 ay) oluşturulmuştur. Bu çocuklardan alınan boğaz sürüntü örneklerinde respiratuar sinsityal virüs (A+B), influenza virüs (A+B), parainfluenza virüs (1, 2, 3, 4), insan metapnömovirüs, rinovirüs ve koronavirüs (OC43+229E) varlığı real-time PCR yöntemiyle [The RealAccurateTM Respiratory RT PCR Kit (PathoFinder BV, Hollanda)] araştırılmıştır. Bulgular: Örneklerin 67sinde (%41,8) alt solunum yolu enfeksiyonları belirtilerine neden olabilecek bir viral etken saptanmıştır. Respiratuar sinsityal virüs %61,2lik oranla (41/67) en sık saptanan virüs olmuştur. Bunu %35,8 (24/67) ile rinovirüsler izlemektedir. Dört örnekte (%5) koronavirüs, iki örnekte (%2,9) insan metapnömovirüs , bir örnekte de (%1,4) parainfluenza virüs diğer viral etkenler olarak belirlenmiştir. Birlikte enfeksiyon sıklıkları değerlendirildiğinde, dört örnekte respiratuar sinsityal virüs-rinovirüs birlikteliği, bir örnekte respiratuar sinsityal virüs-koronavirüs birlikteliği, bir örnekte rinovirüs-koronavirüs birlikteliği, bir örnekte de respiratuar sinsityal virüs- rinovirüs-koronavirüs birlikteliği saptanmıştır. Çıkarımlar: Çalışma grubunun %41,8inde klinik belirtilerden sorumlu olabilecek bir viral etken saptanmıştır. Bu nedenle viral solunum yolu enfeksiyonlarına neden olan virüslerin hızlı ve duyarlı tanısı gereksiz antibiyotik kullanımının engellenebilmesi ve bu virüslerin neden olabilecekleri hastane enfeksiyonlarının önlenebilmesi açısından klinisyene yol gösterici olacaktır.Item General characteristics and prognostic factors of pneumonia cases developed during pandemic (h1n1) influenza-a virus ınfection in Turkey(2013) Tacettin ÖRNEK; Ayten FİLİZ; NALAN ADIGÜZEL; Funda Öztuna; Tekin Yıldız; Leyla SAĞLAM; Yılmaz BÜLBÜL; Ayşın COŞKUN ŞAKAR; Tevfik ÖZLÜ; Mehmet Sezai TAŞBAKAN; NİGAR GÜLFER OKUMUŞ; Levent ÖZDEMİR; TARKAN ÖZDEMİR; Gazi GÜNDÜZ; Hatice KILIÇ; Serap Akcalı duru; Tülin KUYUCUObjective: Unlike seasonal influenza, seen in previous years, the strain identified in the 2009 influenza-A pandemic involved high mortality. In this study, prognostic factors and general characteristics of pneumonia cases developed in Turkey during the H1N 1 pandemic between October 2009 and January 2010 were analyzed. Study Design: Multicenter retrospective study. Material and Methods: This multicentric retrospective study was conducted between August and October 2010 and patients data were collected by means of standard forms. Results: The study included 264 pneumonia cases, collected from 14 different centers. Mean age was 47.5±18.6 years. Nineteen patients (7.2%) were preg- nant or had a new birth and comorbid diseases were detected in 52.3% of all patients. On admission, 35 (13.8%) cases had altered mental status. Overall, 32.6% were treated in intensive care units (ICU) and invasive/non-invasive mechanical ventilation was performed in 29.7%. The mean duration of ICU stay was 2.9±6.2 and total hospital stay was 12.0±9.4 days. Mortality rate was 16.8% (43-cases). The length of ICU treatment, total hospital stay, and mortality were significantly higher in H1N1-confirmed patients. Mortality was significantly higher in patients with dyspnea, cyanosis, and those who had altered mental status on admission. Patients who died had significantly higher rate of peripheral blood neutrophils, lower platelet counts, higher BUN, and lower SaO2 levels. Conclusion: This study showed that pneumonia developed during H1N1 pandemic in our country had resulted in a high mortality. Mortality was espe- cially high among patients with cyanosis, altered mental state and those with lower SaO2.Item Latent Tüberküloz Enfeksiyonu Tanısı(2014) Süheyla SÜRÜCÜOĞLUTüberkülozun etkin kontrolünde aktif tüberküloz hastalığı gelişme riski yüksek kişilerde latent tüberküloz enfeksiyonu tanısı büyük önem taşımaktadır. Günümüzde latent tüberküloz enfeksiyonu tanısında kullanılan altın standart bir yöntem yoktur. Tanıda 100 yıldan beri tüberkülin deri testi ve son 10 yıldır interferon gama salınım testleri kullanılmaktadır. Her iki yöntemin de olumlu ve olumsuz yönleri vardır. Testlerin duyarlılıkları benzer olmakla birlikte, aşılı kişilerde interferon gama salınım testlerinin özgüllükleri Mycobacterium tuberculosis'e özgü olan ve BCG bovis suşunda bulunmayan antijenlerin kullanılması nedeni ile tüberkülin deri testine göre daha yüksektir. Bu makalede latent tüberküloz enfeksiyonu tanısında kullanılan testlerin klinik uygulamaları ve geliştirilmekte olan yeni tanı yöntemleri derlenmiştir.Item ERS International Virtual Congress 2021: Highlights from the Turkish Thoracic Society Early Career Members(2022) Berrin Er; Ozge Aydin Guclu; Tugba Ramasli Gursoy; Tugba Sismanlar Eyuboglu; mina Hizal; Asli Alkan; Pelin Asfuroglu; Eylul Pinar Cakir; Ilknur Kaya; Nazlı Çetin; Dilber Ademhan Tural; Dilara Omer Topcu; PINAR ÇELİK; merve yumrukuz; Dilek Karadoğan; Ilgım Vardaloğlu; Elif Develi; selma ÇELİK; Beste Ozsezen; Nur Hürsoy; Kübra Uyar Er; Fatma Gülsüm Karakaş; Selen Karaoğlanoğlu; Nagehan Emiralioglu; Nilüfer Aylin Acet Öztürk; feride marım; Metin AkgünThis review aimed to highlight some important points derived from the presentations of the European Respiratory Society 2021 Virtual International Congress by a committee formed by the Early Career Task Group of the Turkish Thoracic Society. We summarized a wide range of topics including current developments of respiratory diseases and provided an overview of important and striking topics of the congress. Our primary motivation was to give some up-to-date information and new developments discussed during congress especially for the pulmonologists who did not have a chance to follow the congress. This review also committed an opportunity to get an overview of the newest data in the diverse fields of respiratory medicine such as post-coronavirus disease 2019, some new interventional and technologic developments related to respiratory health, and new treatment strategies.Item İmmün Kompetan Erişkin Hastada CMV Enfeksiyonu ile İlişkili Evans Sendromu(2022) Özge Kama Başcı; Kutay Kırdök; AYŞE KAYA; mine miskioğlu; Çiğdem Banu Çetin; ISMET AYDOGDUSitomegalovirüs ( immün yetmezlikli olgularda ciddi organ bozukluğuyla seyrederek ölümcül bulgulara yol açabilen bir viral ajandır Sağlıklı erişkinde ise çoğunlukla asemptomatik veya kendini sınırlayan mononükleoz benzeri sendrom şeklinde seyreder İmmün kompetan erişkinde ciddi organ tutulumları çok nadirdir Evans sendromu ( immun trombositopeni veya nötropeniye eşlik eden immun hemolitik anemi ( sferositoz direkt Coombs testi pozitifliğiyle seyreden, nadir görülen bir sendromdur İlk tanımlandığında idiopatik olarak kabul edilirken günümüzde primer ve sekonder olarak sınıflandırılmaktadır Primerle ayrımında sistemik lupus eritematozus ( maligniteler enfeksiyonlar, toksinler dışlanmaktadır Bu çalışmada, immün kompetan erişkinde CMV ile ortaya çıkan Evans sendromu olgusu sunulmuşturItem Fauna, Seasonal Activity, and Altitudinal\rDistribution of Phlebotomine Sand Flies (Diptera:\rPsychodidae) in Leishmaniasis Endemic Area,\rAydın Mountains, and Surroundings in Western\rTurkey(2022) YUSUF OZBEL; SUHA KENAN ARSERIM; Ahmet MermerObjective: Human and canine leishmaniasis (CanL) are endemic in Turkey, and cutaneous leishmaniasis (CL) is a primary public\rhealth problem among vector-borne diseases, with 1500-2000 autochthonous cases per year. In this study, we aimed to perform\ra comprehensive entomological survey, including the detection of sand fly fauna, seasonal activity, and altitudinal distribution,\rtogether with the ecological features of Aydın Mountains and their surroundings that are endemic areas for CL caused by\rLeishmania tropica and CanL caused by L. infantum MON-1.\rMethods: The survey was carried out from June 2009 to July 2010. Ten localities with different altitudes were selected. Sand\rfly collection was done every 15 days in July and August when sand flies are most active and every 30 days between September\rand June (14 months, 16 samplings) using CDC light traps and sticky traps. During the collection, the temperature, humidity,\rand ecological and environmental features were recorded. Sand fly specimens were dissected and identified at species level using\rwritten keys.\rResults: A total of 6712 sand fly specimens (3268 females and 3444 males) were collected from 10 localities throughout all study\rperiods. Species identification revealed that nine and three species belonging to Phlebotomus (P. major s.l. 30.38%, P. tobbi 22.93%,\rP. papatasi 5.88%, P. sergenti s.l. 4.51%, P. alexandri 4.26%, P. simici 3.50%, P. burneyi 0.63%, P. brevis 0.45%, and Transphlebotomus\rspp. 0.28%) and Sergentomyia (S. dentata 23.17%, S. minuta 2.43%, and S. antennata 1.58%) were found, respectively. The seasonal\ractivities of these 12 sand fly species were determined, and P. major s.l. and P. tobbi, which were probable vectors of VL and CanL,\rwere present in the study area. P. sergenti s.l., a probable vector of CL, was also found in the region and was active for seven months\rbetween April and October. P. sergenti s.l. was found in the 400–600 m altitude in July, while P. major and P. tobbi were found in\rhigh densities in the 200-400 m altitude in September.\rConclusion: Our results showed that leishmaniasis vectors are present in different altitudes in the Aydın mountains and\rsurroundings. The findings revealed the time intervals of parasite transmission in the area and the period of applying protective\rmeasures, such as insecticide application.Item Leishmania RNA Virüs 2 (LRV2) Saptanmasında cDNA Sentezindeki BirModifikasyon ile Hassasiyetin Artırılması(2022) Ahmet Ozbilgin; Muhammed Nalçacı; Seray Töz; YUSUF OZBEL; Mehmet KarakusSağlık Bilimleri Üniversitesi Türkiye Hamidiye Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı,\rİstanbul, TürkiyeItem Depremlerin Ardından Sıtma, Leishmaniasis ve Uyuz Riskinin İncelenmesi ve Korunma Önerileri(2023) VAROL TUNALI; MEHMET HARMAN; Ahmet OzbilginBu çalışma, Türkiye’nin güneydoğusunda gerçekleşen depremlerin ardından bölgede ve ülkemizdeki sıtma, leishmaniasis ve uyuz riskini incelemektedir. Çalışmanın odağında, yerel nüfus ve Suriyeli göçmenler bulunmaktadır. Önleme önerileri arasında iç mekan ilaçlama ve insektisit ağların dağıtılması gibi vektör kontrol önlemleri sayılabilir. Hızlı tanı testleri ve aktif olgu bulma amacıyla sürveyans ve erken teşhis önem taşımaktadır. Halkı bilinçlendirme kampanyaları ve toplum katılımı, koruyucu önlemlerin teşvik edilmesi için çok önemlidir. Sağlık altyapısının güçlendirilmesi, gerekli tıbbi malzemelerin sağlanması ve kapasite geliştirme esastır. Leishmaniasis için erken teşhis ve tedavi, vektör kontrolü, halk eğitimi ve toplum katılımı hayati önem taşımaktadır. Uyuz salgınları, sosyoekonomik olarak yoksun durumdaki yerel nüfusu ve Suriyeli göçmenleri etkilemektedir. Erken teşhis, tedavi, temas takibi, halk eğitimi, hijyen teşviki ve iyileştirilmiş yaşam koşullarının sağlanması esastır. Bu müdahaleleri ve stratejileri uygulamak, bu hastalıklarn etkili bir şekilde önlenmesi, kontrol edilmesi ve yönetilmesini sağlayabilecektir. Bu yaklaşımların etkilenen toplulukların öznel bağlamına ve ihtiyaçlarına göre uyarlanması çok önemlidir. Bu zorlukları ele alarak, etkilenen nüfusun sağlığını ve esenliğini korumak mümkün olabilecektir.Item Nahoş Hatıra: Türkiye’de Yurtdışı Kaynaklı Plasmodium falciparum Sıtması(2023) Ahmet Ozbilgin; VAROL TUNALI; SEBNEM SENOL AKAR; ibrahim çavuş; Orçun Zorbozan; AHMET YILDIRIM; NEVIN TURGAYAmaç: Her yıl yaklaşık 125 milyon kişi sıtmanın endemik olduğu ülkeleri ziyaret etmektedir. Bu çalışmada Türkiye’ye dışarıdan gelen Plasmodium falciparum sıtma enfeksiyonlarının klinik özelliklerinin araştırılması amaçlanmıştır. Yöntemler: Çalışmaya 1996-2022 yılları arasında P. falciparum sıtması tanısı konan hastalar dahil edildi. Tam kan örnekleri ve/ veya kan yaymaları, ayrıntılı tıbbi öyküler, klinik belirtiler ve laboratuvar bulguları retrospektif olarak değerlendirildi. Çalışmaya toplam 131 dışarıdan gelen P. falciparum olgusu dahil edildi. Bulgular: Hastaların 121'i erkekti. Bunlardan 101’i Afrika’yı, 30’u Asya’yı ziyaret etmişti. Hastalar arasında 109’u turist/ziyaretçi ve 22’si mülteci/göçmendi. Tüm hastalarda erken dönem trofozoitler gözlenirken, 30 hastada gametositler tespit edildi. On beş hastada serebral sıtma gelişti ve iki kişinin ölümüyle sonuçlandı. Ayrıca 10 hastaya koruyucu kemoprofilaksi uygulandı. Sonuç: Türkiye, küresel sıtma yükünün %95’inden fazlasının bulunduğu iki kıtayı Avrupa’ya bağlayan göç yolları üzerinde yer almaktadır. Uygun vektörlerin varlığı, iklim koşulları ve çevresel faktörler göz önüne alındığında, sıtmanın geri dönen yolcular aracılığıyla ithal edilmesi, ülkemizde sıtmanın yeniden ortaya çıkması riski oluşturmaktadır. Daha da önemlisi, 30 hastanın (%22,9) P. falciparum’un Anopheles türlerini enfekte etme potansiyeline sahip gametosit formlarına sahip olması, yerli sıtma bulaşı açısından önemli bir risk faktörü olarak değerlendirilmiştir.Item Phytochemicals of Hibiscus sabdariffa with Therapeutic Potential against SARS-CoV-2: A Molecular Docking Study(2023) EMEL AKBABA; deniz karatasIn this study, the possible interactions of 17 phytochemicals that were reported as the most abundant biomolecules of Hibiscus sabdariffa, including many organic acids as well as catechin and quercetin derivatives, with 3CLpro and PLpro proteases of SARS-CoV-2 have been investigated via molecular docking. Caffeoylshikimic acid/3CLpro showed the lowest binding energy (-7.72 kcal/mol) with seven H-bonds. The second-lowest binding energy was computed in the chlorogenic acid/3CLpro complex (-7.18 kcal/mol), which was found to form 6 H-bonds. Also, low binding energies of cianidanol (-7.10 kcal/mol), cryptochlorogenic acid (-6.67 kcal/mol), and kaempferol (-6.82 kcal/mol) were calculated to 3CLpro with several H-bond interactions. Nelfinavir (-10.16 kcal/mol) and remdesivir (-6.40 kcal/mol), which have been used against COVID-19, were obtained to have low binding energies to 3CLpro with 3 H-bond formations each. On the other hand, the nicotiflorin/PLpro complex, which had the lowest binding energy (-7.40 kcal/mol), was found to have only 1 H-bond interaction. The second-lowest binding energy was reported in chlorogenic acid/PLpro (-7.20 kcal/mol), which was found to possess four H-bonds. On the other hand, epigallocatechin gallate/PLpro, which was shown to have a -5.95 kcal/mol binding energy, was found to form 8 H-bond interactions. Furthermore, the quercetin pentosylhexoside/PLpro complex was monitored to have low binding energy (-6.54 kcal/mol) with 9 H-bonds, which stands as the highest number of H-bonds in all complexes. Therefore, several molecules of Hibiscus sabdariffa were found to have strong binding affinity to the main proteases of SARS-CoV-2. This study suggests many compounds, including caffeoylshikimic acid and nicotiflorin, to inhibit 3CLpro and PLpro activities. As a result, numerous chemicals derived from Hibiscus sabdariffa have the potential to be employed therapeutically against SARS-CoV-2 infection.Item In silico Screening of the Potential Anti-SARS-CoV-2 Activities of Peptides from Vipera ammodytes ammodytes Venom by Molecular Docking(2023) Suleyman ILHANThe coronavirus disease 2019 (COVID-19) is induced by the SARS-CoV-2 virus, which caused the global pandemic, infecting approximately 608.328.548 confirmed cases and bringing about 6.501.469 deaths worldwide, as WHO stated in September 2022. The disease is more deadly due to the lack of specific drug molecules or a treatment plan. Therefore, the development of potent pharmacological compounds is urgently required to combat COVID-19. Due to their biological actions, snake venoms constitute a source of potentially beneficial medicinal compounds. Vipera ammodytes ammodytes (VA) is a viper species whose venom has been shown to have anti-proliferative, antimetastatic, anti-cancer, and anti-microbial activities. This in silico study was conducted to evaluate the efficacy of selected VA venom proteins (Adamalysin II, Ammodytoxin A, Ammodytin L, L-amino acid oxidase) against molecular targets; Main protease (3CLpro) and Angiotensin-Converting Enzyme 2 (ACE2) by molecular docking study. Molecular docking investigations were performed by using AutoDock Vina software. All compounds displayed negative binding energy values to 3CLpro and ACE2, suggesting that their interactions with the active sites were favourable. L-amino acid oxidase had the highest binding affinity with both 3CLpro and ACE2. This study revealed for the first time that VA venom proteins are functional inhibitors of 3CLpro and ACE2 activities, and the components of VA venom can be considered potential SARS-CoV-2 inhibitors. However, more studies are needed to validate these compounds in vitro and in vivo.Item Trypanosoma cruzi, Leishmania tropica ve Toxoplasma gondii Parazitlerinin J774, Vero ve HeLa Hücre Hatlarında Ex Vivo Kültivasyon Potansiyellerinin Değerlendirilmesi(2023) Ahmet Ozbilgin; Kor Yereli; AHMET YILDIRIMÖnemli morbidite ve mortaliteden sorumlu olan ve makrofaj hücreleri içerisinde yerleşim gösteren layşmanyazis etkeni Leishmania tropica, toksoplazmozis etkeni Toxoplasma gondii ve Chagas hastalığı etkeni Trypanosoma cruzi olmak üzere üç zorunlu hücre içi protozoon parazit türü dünya nüfusunun yarısından fazlasını etkilemekte, sosyo-ekonomik ve coğrafi faktörlerle bağlantılı olarak da önemi giderek artan, ihmal edilen paraziter hastalıklara neden olmaktadır. Bu çalışmada, T.cruzi, L.tropica ve T.gondii parazitlerinin J774, Vero ve HeLa hücrelerinde ex vivo kültürlerinin değerlendirilmesi ve virülans özellik- lerini kaybetmeden kısa sürede ve fazla miktarda çoğaltılması amaçlanmıştır. Hücre kültür flasklarında konflüent olarak üretilen J774, Vero ve HeLa hücre hatlarının T.cruzi, L.tropica ve T.gondii parazitleriyle enfekte edilmesi ile ex vivo deney modelleri oluşturulmuştur. Ex vivo kültür yapılmasında bir pasaj yedi gün süresince ve ardışık üçer kez olacak şekilde uygulanmıştır. Her pasaj sonrasında yüzeyden kaldırılan hücreler sekiz odacıklı lamlara ekilmiştir. Giemsa boyalı preparatlar hazırlanarak enfeksiyon oranları ışık mikroskobisinde incelenerek değerlendirilmiştir. Çalışma sonunda üç hücre hattının da T.cruzi, L.tropica ve T.gondii parazitleri ile enfekte edilebildiği ve ardışık pasajlar sonrasında tüm hücre hatlarında enfeksiyon oranlarının arttığı görülmüştür. Ex vivo kültür yapılması sonucunda T.cruzi ve L.tropica suşlarının ürediği en iyi hücre hatlarının sırasıyla J774, Vero ve HeLa, T.gondii suşunun ise sırasıyla HeLa, J774 ve Vero hücre hatları olduğu görülmüştür (p< 0.05). Trypanosoma cruzi, L.tropica ve T.gondii parazitleri J774, Vero ve HeLa hücre hatlarında ex vivo kültür yöntemiyle virülans özelliklerini kaybetmeden kısa sürede ve fazla miktarda olmak üzere başarılı bir şekilde üretilmiştir. Trypanosoma cruzi ve L.tropica parazitleri için ex vivo kültür yapılması potansiyeli en iyi olan hücre hatlarının sırasıyla J774, Vero ve HeLa iken, T.gondii için sıra- sıyla HeLa, J774 ve Vero olduğu görülmüştür. Elde edilen verilerin aşı, ilaç ve yeni tanı kitleri geliştirilmesi konularında yapılacak birçok çalışmaya katkı sağlayacağı düşünülmektedir.Item Venom Peptides of Crotalus atrox Against SARS-Cov-2 Spike Protein and Human ACE2 Receptor by Molecular Docking Analysis(2023) Suleyman ILHANVenoms are composed of about 100 to 500 pharmacologically active compounds. Less than 0.01% of these compounds have been identified and a significant majority of them act on unknown receptors. Here, the potential Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) activities of selected Crotalus atrox venom peptides (CVPs) including Atrolysin D (AD), vascular apoptosis-inducing protein-1 (VAIP-1), Catrocollastatin (CC), and Calcium-Free Phospholipase A2 (CFP) were investigated via molecular docking analysis. CVPs were docked against human angiotensin-converting enzyme-2 (ACE-2) and 3-chymotrypsin-like protease (3CLpro) viral spike protein. All CVPs had low binding energies to both 3CLpro and ACE2, suggesting that they interacted strongly with the active sites of enzymes, compared to the reference drugs lopinavir and ritonavir. The binding energy of 3CLpro was -139.517 kcal/mol, -96.239 kcal/mol, -121.590 kcal/mol, -259.424 kcal/mol with AD, VAIP-1, CC, and CFP, respectively. CFP showed a very strong binding activity with 3CLpro, suggesting that it could be a very effective compound in inhibiting the SARS-CoV-2 virus. The binding energy of ACE2 was -101.165 kcal/mol, -73.064 kcal/mol, -106.918 kcal/mol, -82.830 kcal/mol with AD, VAIP-1, CC, and CFP, respectively. AD made a much stronger bond with ACE2 than reference drugs, showing that it could be used as a virus-protective component in humans. The results suggest a potential drug candidate for the development of therapeutics against Coronavirus disease 2019 (COVID-19). In vitro and in vivo experiments are needed to confirm these compounds' potential preventive and therapeutic effects.