Stout Kafur Ağacında LEA Genlerinin Biyoinformatik Analizi (Cinnamomum micranthum f. Kanehirae)
No Thumbnail Available
Date
2024
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Abstract
LEA proteinleri bitkilerin abiyotik streslere karşı tepkilerinde önemli bir role sahiptir. Lauraceae ailesine ait tıbbi ve aromatik bir bitki olan Cinnamomum micranthum f. Kanehirae veya Stout Kafur ağacının genom dizisi yakın zamanda tamamlanmıştır. Stout Kafur genomunda çalışmalar olmasına rağmen LEA genleri ile alakalı herhangi bir çalışma bulunmamaktadır. Bu nedenle bu çalışmada biyoinformatik araçlar kullanılarak Stout Kafur genomunda yer alan LEA genlerinin genom çapında analizinin yapılması amaçlanmıştır. Stout Kafur genomunda 57 LEA geni (CmiLEA) tanımlandı. CmiLEA filogenetik analize göre 8 ayrı kümeye ayrılmıştır. CmiLEA'nın subselüler lokalizasyonları incelendiğinde daha çok sitoplazmada lokalize oldukları ve sadece bir miRNA hedefleyen toplam 13 gen tanımlanmıştır. CmiLEA’ da toplam 23 genin yalnızca ekzon bölgelerine sahip olduğu ve intronsuz olduğu tespit edilmiştir. Toplamda 35 korunmuş motif belirlenirken, CmiLEA-42'de yalnızca bir korunmuş motif bulunmuştur. 3B yapı sonuçlarına uygun olarak LEA_2 alt ailesinden CmiLEA-21, CmiLEA-31, CmiLEA-44, CmiLEA-45 ve CmiLEA-57 %90'ın üzerinde doğruluk göstermiştir. Bu çalışma, Cinnamomum micranthum f. kanehirae bitkisinde LEA genleri ile ilgili yapılmış ilk biyoinformatik çalışma olup, Cinnamomum cinsinde gelecekte ileri fonksiyonel analizler için bir temel oluşturabileceği düşünülmektedir.